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北京新发地疫情病毒来自何方?最新钻研展现能够源于冷链食品污浊


点击:175 作者:伊人香蕉香蕉综合33 日期:2020-10-28 01:49:04

  北京新发地疫情病毒来自何方?最新钻研展现能够源于冷链食品污浊

  据“清华大学组织生物学高精尖创新中央”微信公多号10月27日新闻,2020年6月11日,1例新冠病毒感染患者突现,打破了北京不息56天无新添病例的稳定。该患者(指使病例)马上就被收治,病情也很快得到限制,但是他从那里感染了病毒,却成了一个谜。

  为了进一步查清亮发地疫情的病毒来源,多家单位说相符攻关。2020年10月23日,清华大学、北京市疾病预防限制中央、中国医学科学院病原生物学钻研所、北京大学、中国科学院北京基因组钻研所的钻研人员在《国家科学评论》(National Science Review)上在线发外题为“北京新冠肺热疫情表现能够源于冷链食品污浊”(Cold-chain food contamination as the possible origin of Covid-19 resurgence in Beijing)的钻研论文。该论文经历对2020年6月北京疫情相关病例、环境与食品等样品的核酸测序和病毒基因组序列分析,结相符周详的通走病学调查和大数据分析,展现了该疫情能够源于冷链食品污浊,挑出冷链运输能够是新冠病毒传播的新途径。

  针对指使病例的通走病学调查和大数据分析,经历对其所到地区和接触人员的排查,发现2份来自北京新发地市场的环境样本表现新冠病毒核酸阳性。随后对该市场538名员工扩大进走病毒核酸筛查,又发现45人造阳性。新发地市场随即成为关注的焦点,北京市相关部分武断对该市场采取关闭措施,以有力遏止疫情的蔓延。6月15日,北京市启动了全市核酸筛查。经历对1000余万人口和5000余份环境样本的检测,共发现368人新冠病毒核酸阳性。这些感染者均与新发地市场有直接或者间接相关:其中169人是新发地市场的做事人员,103人于5月30日至6月12日期间往过新发地市场,其余96人均为上述人员的接触者。未发现自力于该市场的早期传播链或自力传播链,挑示新发地市场是此次疫情暴发的单一源头。

新发地综相符营业大厅负一层(牛羊肉厅)感染做事人员分布新发地综相符营业大厅负一层(牛羊肉厅)感染做事人员分布

  结相符新发地市场通走病学调查,钻研人员初步确定综相符营业大厅地下一层(牛羊肉大厅)水产区S14号摊位能够是感染的源头:S14号摊位的7位做事人员均为新冠确诊病例,且症状显眼前间相对较早。按照通走病学模型揣摸的疫情开起时间周围内,共有5位顾客新冠抗体检测阳性,且这5位顾客都到访过S14号摊位。这5位顾客及其亲昵接触者在以前14天内都未到访过中高风险区域或接触来自中高风险区域的人员,进一步挑示疫情是由新发地市场向张扬播。

  新发地疫情中的病例和环境样本中获得病毒基因组序列分析外明其病毒序列具有清晰的突变特征,和吾国之前所发现的本土及输入病例均不相通,展现该次疫情答为单一性的境外输入

  钻研团队进一步行使自立开发的矮病毒载量样品处理形式,对110个病例和环境样本进走了高通量核酸测序,共获得了72条高质量的新冠病毒基因组序列。分析发现,这些序列均具有8个特征性突变位点(C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC和C6026T),这些位点在吾国此前的本土和输入病例中从未发现过。与新冠病毒基因序列数据库比对,发现除C6026T之外,具有其它7个突变位点的病毒主要存在于欧洲。这些效果进一步挑示新发地疫情的病毒答为单一性的新发境外输入。

  综相符上述效果,同时确认S14号摊位的做事人员未接触过疑似或确诊新冠病毒感染者,且5月至6月初期北京也无通知新添感染病例,挑示病毒极能够来源于境外输入。进一步调查表现,S14号摊位售卖的物品中冰鲜三文鱼是唯一来自境外的商品,且摊主曾于5月30日从某供答商(X公司)处采买过从存在新冠病毒疫情国家进口、包装完善的三文鱼,在市场内切割处理后零售。为此,对新发地市场内一切三文鱼供答商的冷库进走了采样检测,发现X公司有5份鱼体拭子样本呈新冠病毒核酸阳性,其中1份未开封鱼体拭子样本中测序获得的病毒基因组序列与本次疫情中人和环境样本中的病毒高度同源。

  因未能从鱼体上别离获得活病毒,所以尚无法表明鱼体上的病毒活力。但是将高质量病毒基因组序列特征分析与通走病学调查结相符,挑示来自境外疫情高发区的冷链进口食品极有能够为本次新发地疫情病毒源头。在本文发外过程中,中国疾控中央通知从青岛获取的冷链食品中别离出新冠病毒,进一步挑示冷链食品能够是新冠病毒传播的主要途径。本钻研对于展现北京新发地疫情的病毒来源挑供了主要证据,为优化疫情常态化防控策略挑供了主要按照。

  该论文的完善,表现了多个钻研机构平分歧专科背景科研人员之间的精诚配相符,也为今后相通复杂题目的迅速解决挑供了一栽有效的方案。北京市疾病预防限制中央新冠病毒肺热防控和检测组参与完善现场调查、样本采集和核酸筛查。中国医学科学院病原生物学钻研所王健伟/任丽丽钻研团队在P3实验室完善了样品的核酸测序前处理流程。清华大学王建斌课题组与北京大学黄岩谊课题组发展的迅速基因组测序样品处理形式为新发地疫情关键样品的实在迅速病毒测序挑供了技术基础和实验声援。中国科学院北京基因组钻研所李明锟课题组完善了对关键样品序列的分析。该做事得到了北京市当局的统筹融合和相关部分的大力声援,得到了科技部、国家自然科学基金委员会、北京异日基因诊断高精尖创新中央和北京组织生物学高精尖创新中央的资助。迅速反答的高通量测序做事得到了北京大学ICG/BIOPIC高通量测序平台的积极配相符。

  北京市疾病预防限制中央庞星火主任医生、吴双胜主管医生,中国医学科学院病原生物学钻研所任丽丽钻研员和中国科学院北京基因组钻研所钻研生马文泰为论文共同第一作者。中国医学科学院病原生物学钻研所王健伟钻研员,北京大学北京异日基因诊断高精尖创新中央/生物医学前沿创新中央/化学学院黄岩谊教授,清华大学(北京)组织生物学高精尖创新中央/生命科学学院王建斌钻研员,中国科学院北京基因组钻研所(国家生物新闻中央)李明锟钻研员,北京市疾病预防限制中央王全意钻研员、潘阳副钻研员为共同通讯作者。

  新冠疫情发生之初,为了尽快监测新冠病毒变异的特征,进一步解析这一新式病毒的通走病学特点和湮没风险,清华大门生命学院及组织生物学高精尖创新中央王建斌课题组投入到新冠病毒全基因组测序技术的研发做事,与北京大学和地坛医院配相符者说相符开发出一栽智慧浅易的新式冠状病毒测序手腕MINERVA,它竖立在之前发展的SHERRY形式之上,兼容新冠病人常见的临床样本类型,并经历特异性的富集,来获取高遮盖度和深邃度的新冠病毒基因组数据。除新发地疫情传播钻研外,王建斌课题组还与地坛医院、北京大学、中国医学科学院病原生物学钻研所、中国科学院北京基因组钻研所的科研团队配相符开展多项新冠相关科研项现在,片面收获已被授与待刊。

  封面图片来源:每经记者 韩阳 摄

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义务编辑:何中夫

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